Najstarsze znaleziska związane z obecnością człowieka na obecnym terenie Niderlandów maja około 200 tysięcy lat, natomiast najstarsze znalezione tu ludzkie szczątki około 30 tys. lat. W ostatnim tysiącleciu przed naszą era pojawiły się tu plemiona celtyckie i germańskie.

W połowie I w. p.n.e. tereny te zostały podbite przez Juliusza Cezara i wchodziły  w skład rzymskich prowincji Belgica i Germania. W czasach rzymskich powstały też pierwsze miasta m.in. Utrecht, Nijmegen.
​
Pomiędzy IV a VIII wiekiem naszej ery, terytorium Niderlandów zostało podbite przez Franków. Pomiędzy VI i VIII wiekiem trwała chrystianizacja tych terenów, a znaczną rolę w niej odegrał św. Willibrord. Za czasów Karolingów powstały tu liczne, niezależne państwa świeckie takie jak hrabstwa i księstwa oraz biskupstwa.
W średniowieczu doszło do wykształcenia się silnego mieszczaństwa, a teren dzisiejszego Beneluksu był obok północnych Włoch, najbardziej zurbanizowanym i rozwiniętym gospodarczo regionem Europy.

W XIV–XV w. tereny dzisiejsze go Beneluksu w wyniku polityki dynastycznej i podbojów znalazły się pod panowaniem  książąt burgundzkich i stały się Burgundzkimi Niderlandami. W 1456 r. w Brugii powołane zostały Stany Generalne - reprezentacja stanowa Niderlandów.

W 1477 r. po śmierci Karola Śmiałego władzę objęła Maria Burgundzka wraz z małżonkiem arcyksięciem austriackim Maksymilianem Habsburgiem. W tym czasie powstały Zjednoczone Prowincje Niderlandów, które przeszły pod panowanie Habsburgów. Cesarz Karol V, wnuk Marii Burgundzkiej i Maksymiliana Habsburga popierał rozwój gospodarczy Niderlandów, które stały się jednym z najbogatszych regionów w Europie. Docierały tu też szybko nowinki religijne, które padały na podatny grunt.

W roku 1555 po, abdykacji Karola V i podziale imperium, jego syn Filip II otrzymał Hiszpanię i Niderlandy, zwane odtąd Niderlandami Hiszpańskimi. Król Filip II kontynuował ze zdwojoną siłą, rozpoczęte przez Karola V, prześladowania heretyków, co doprowadziło do wybuchu niepokojów w całych Niderlandach, krwawo stłumionych przez wojskową ekspedycję karną pod dowództwem Fernando Alvareza de Toledo, księcia Alby. Spowodowało to w 1568 r. wybuch wojny osiemdziesięcioletniej.

W 1588 r. proklamowano powstanie Republiki Siedmiu Zjednoczonych Prowincji Niderlandzkich i przez kolejne lata trwały walki ze zmiennym szczęściem z wojskami hiszpańskimi o utrzymanie niepodległości Republiki. Wojnę zakończyło zawarcie Pokoju Westfalskiego, na mocy którego Hiszpania ostatecznie uznała Republikę Zjednoczonych Prowincji.

W XVI i XVII w. Republika Siedmiu Zjednoczonych Prowincji Niderlandzkich) stała się światową potęgą morską i kolonialną zdobywając liczne posiadłości zamorskie w południowej Azji i Ameryce Południowej. W tym okresie, zwanym Złotym Wiekiem, nastąpił rozkwit krajowej nauki i sztuki. Działali i tworzyli Rembrandt, Vermeer, Fans Hals, Jan Steen, Erazm z Rotterdamu, Spinoza.

​XVIII w. to zmierzch potęgi i świetności Republiki. Na początku stulecia pojawiła się stagnacja w gospodarce, a brak rodzimych surowców zahamował industrializację kraju. Klęska w wojnie z Wielką Brytanią, utrata posiadłości w Indiach na rzecz Brytyjczyków i wojna domowa pomiędzy frakcją „patriotów” a oranżystami połączona z interwencją Prus przyspieszyły upadek.
​
W 1795 r. po zajęłciu przez wojska rewolucyjnej Francji republika przestała istnieć i została proklamowana, przez radykałów, marionetkowa Republika Batawską, która istniała do 1806 r. Republika Batawska  została przekształcona w Królestwo Holandii. Na tronie marionetkowego królestwa zasiadł Ludwik Bonaparte, brat Cesarza Napoleona, a po jego abdykacji, na krótki czas, jego syn - Napoleon Ludwik Bonaparte. W 1810 r. Królestwo Holandii zostało zlikwidowanew, a tereny przyłączone do napoleońskiego cesarstwa.
​
W 1815 r. zgodnie z ustaleniami Kongresu Wiedeńskiego utworzono Królestwo Zjednoczonych Niderlandów, w skład którego wchodziła Holandia, Belgia i Luksemburg. W 1830 r. na terenie dzisiejszej Belgii wybuchło powstanie antyholenderskie zakończone proklamacją niepodległości powstaniem państwa belgijskiego.

W pierwszej połowie XIX w. rozpoczął się intensywny rozwój gospodarczy Holandii. Duży wpływ na to miały znaczne dochody z posiadłości kolonialnych na terenie dzisiejszej Indonezji. W 1848 r. została uchwalona i przyjęta nowa, liberalna konstytucja, a 1890 r. w po wygaśnięciu linii męskiej dynastii orańskiej, wygasła unia personalna łącząca Niderlandy z Luksemburgiem. Już w połowie XIX w. rozpoczęła się industrializacja, a pod koniec wieku nastąpił rozwój przemysłu lekkiego i handlu, unowocześnienie intensywnego rolnictwa, wrosło znaczenie holenderskich portów, zwłaszcza Rotterdamu.

W polityce zagranicznej stawiano na neutralność i w okresie I wojny światowej udało się Holandii zachować neutralność.

W maju 1940 r. Niderlandy zajęły wojska III Rzeszy i rozpoczęła okupacja kraju trwająca do 1945 r. W wyzwalaniu Niderlandów brała udział 1 Dywizja Pancerna dowodzona przez generała Maczka. Po wojnie Niderlandy skorzystał z planu Marshalla oraz zrezygnowały z polityki neutralności. W 1945 r. stały się członkiem ONZ, w 1948 r. powstała unia celna z Belgią i Luksemburgiem tzw. Benelux, w 1949 r. kraj przystąpił do Paktu Północnoatlantyckiego (NATO), a w 1957 r. do EWG. Od od 1993 r. Niderlandy są członkiem UE.

W latach powojennych nastąpił okres intensywnego rozwoju gospodarczego, a duży wpływ miało  odkryciu bogatych złóż gazu ziemnego na północy kraju. Wzrosło znaczenie kraju w handlu międzynarodowym, nastąpił rozwój nowoczesnego rolnictwa i usług. Obecnie wysoko rozwinięta gospodarka znajduje się na 16. miejscu na świecie, a najważniejszą dziedziną gospodarki są usługi wytwarzające ponad 70% PKB.